1734年（清雍正十二年），姑苏名医雷大升（字允上）在苏州阊门开设了诵芬堂药铺，始创雷允上药业。

1863年（清同治二年），雷氏在上海开设分店，后称上海雷允上诵芬堂南号。

1877年（清光绪三年），苏州雷允上按前店后场的模式，设立加工场，并逐步扩大规模。

1922年（民国十一年），雷允上诵芬堂依法收执"九芝图"商标注册证书，成为我国最早的注册商标之一。

1934年（民国二十三年），上海雷允上诵芬堂北号开张。

1965年，雷允上九芝图牌六神丸被列为国家保密产品。

1979年，九芝图牌六神丸获国家质量金奖，并于一九八四年、一九八九年蝉联金奖。

1980年，九芝图牌荣获国家著名商标称号。

1994年3月，由苏州雷允上制药厂出资30万元设立苏州雷允上营养保健品公司，住所设在河西新区曙光村，注册资金30万元。

1995年11月，市医药集团有限公司以苏州雷允上制药厂、苏州药材采购供应站和苏州雷允上营养保健品公司为核心企业，以药材采购供应站百合保健品经营部、王鸿翥中药饮片厂、沐泰山药店、雷允上营养保健食品厂、王鸿翥药店、王鸿翥药店新区分号、雷允上诵芬堂(总号)药铺、童葆春药店、天益生药店、杜良济药店、为民药店、宁远堂药店、新风药店、灵芝堂药店、同益生药店、虎丘药店、保康药店、潘资一药店、利民药店、良利堂药店为紧密层企业，联合组建雷允上药业集团(苏州)。同时，苏州雷允上制药厂、苏州药材采购供应站并入苏州雷允上保健品公司，苏州雷允上营养保健品公司更名为雷允上药业集团公司(苏州)，集团性质为全民与集体联营企业，注册资本为2168万元，公司主所：西中市127号，共有员工1100多人，其中具有各类专业技术职称的300多人。

1997年3月，经市工商行政管理局登记，雷允上药业集团公司(苏州)将沐泰山、王鸿翥、童葆春等15家药店合并组成“苏州雷允上国药连锁总店”，属雷允上药业集团公司(苏州)的全资子公司，注册资金226.9万元，住所：西中市127号。

1997年，由中国远大集团公司出资6029万元(占70%)，苏州医药集团有限公司以所属雷允上药业集团公司(苏州)和苏州雷允上国药连锁总店的净资产，经评估确定为3690万元(占30%)出资，组建雷允上(苏州)药业有限公司。注册资本：9720万元，住所：西中市127号，员工1068人。

1998年10月，由中国远大集团公司出资900万元(占90%)，雷允上(苏州)药业有限公司出资100万元(占10%)收购常熟制药厂，设立常熟雷允上制药有限公司。

1999年2月，雷允上(苏州)药业有限公司股东会通过决议，批准公司出资设立苏州雷允上国药连锁总店有限公司，总投资为694万元。，其中雷允上(苏州)药业有限公司以原苏州雷允上国药连锁总店净资产631万元(占90%)出资，常熟雷允上制药有限公司以现金63万元(占10%)出资。注册资金694万元，住所：西中市127号。

1999年5月，雷允上(苏州)药业有限公司出资1607万元从中国远大集团公司收购常熟雷允上制药有限公司90%股份中的80% ，苏州雷允上国药连锁总店有限公司(于1999年2月成立)出资133万元从中国远大集团公司收购常熟雷允上制药有限公司90%股份中的10%。

2001年3月，雷允上(苏州)药业有限公司更名为雷允上药业有限公司。

2001年12月，雷允上药业有限公司投资1亿元的国家双高一优项目--雷允上新厂建设正式开工。

2004年6月，,雷允上药业有限公司苏州雷允上制药厂通过GMP认证，把雷允上药业推上了一个新的历史里程碑。

2006年4月18日，苏州雷允上商业有限公司注册成立。

2006年5月，六神胶囊上市，在全国知名品种六神丸的二次开发工作收到成效，六神软膏11月底上市。

2006年11月，雷允上药业有限公司通过中药软膏剂GMP认证。

2007年1月，六神软膏上市。

2008年11月，雷允上国药连锁总店有限公司通过江苏省食品药品监督管理局《药品经营质量管理规范》认证